Повод к налоговому спору дало строительство опытового судна "Ладога" по заказу Минобороны. В 2018 году "Ладогу" передали заказчику, но споры о стоимости строительства продолжались ещё несколько лет: фактические затраты на постройку судна более чем вдвое превысили контрактную цену и достигли почти 3,3 млрд рублей.


Арбитражный суд Москвы, где "Пелла" взыскивала с Минобороны действительную стоимость "Ладоги", в октябре 2022 года обязал военных выплатить недостающую сумму. Это решение вступило в законную силу в феврале 2023 года. После этого корабелы представили в ФНС в мае 2023 года уточнённую налоговую декларацию за I квартал 2023 года. В ней была отражена реализация опытового судна на сумму 3,22 млрд рублей, а также заявлены налоговые вычеты на 423,9 млн рублей.

Инспекция провела камеральную проверку и в марте 2024 года доначислила "Пелле" НДС – 423,9 млн рублей и штраф 42,4 млн.

В сентябре 2024 года судостроительный завод обжаловал решение ФНС в арбитраже.

Ключевым моментом налогового спора стала разница во взглядах МИФНС и корабелов на установление момента определения налоговой базы для расчёта НДС. По версии "Пеллы", этот момент произошел, когда вступило в силу решение Арбитражного суда Москвы, признавшего за Минобороны задолженность за постройку "Ладоги", то есть в феврале 2023 года. В свою очередь МИФНС сочла, что это должен быть 2018 год, когда судостроительный завод передал судно заказчику. То есть срок для вычета истёк в декабре 2021 года, спустя три года после передачи "Ладоги".

13-й Арбитражный апелляционный суд отменил решение первой инстанции и признал решение налоговиков недействительным.

По мнению апелляции, ссылавшейся на письма Минфина, в данном случае днём оказания услуги следует считать дату вступления в силу решения Арбитражного суда Москвы, поскольку "факт выполнения работ, их сдача-приёмка по односторонним актам подрядчика, наличие задолженности по оплате выполненных работ" установлены этим решением.